El programa de conservación tiene el objetivo de implementar estrategias que promuevan la protección y conservación de ecosistemas, con el fin de beneficiar la avifauna de nuestro país. A través del apoyo brindado por Birdlife International, ha sido posible identificar Sitios de Importancia para las Aves (IBAs) e implementar un sistema de Santuarios Aves Honduras, con el fin de conservar ecosistemas naturales dentro de propiedades privadas y beneficiar a sus propietarios en el desarrollo ecoturístico del mismo.